In Horizon werden nicht einfach Schiffe bewegt sondern komplette Flotten. Mit der Ausnahme von Sonden und Kolonialisierungsschiffen, werden alle anderen Raumschiffsbewegungen durch komplette Flotten ausgeführt. Eine Flotte bleibt auch nach ihrer Rückkehr von einem Einsatz als Einheit bestehen und kann als solche zu neuen Aufgaben ausgesandt werden. Jede Flotte wird von mindestens einem Flaggschiff angeführt. Die Art und Anzahl der Flaggschiffe bestimmen die maximale Größe, bzw. Anzahl ausführbarer Kommandos der Flotte. Schiffe, die nicht in Flotten eingebunden sind, gelten als unbemannt und werden bei Kämpfen um den Heimatplaneten nicht zur Verteidigung eingesetzt. Flotten können nicht als ganzes in den Bunker verschoben werden.
Kehrt eine Flotte beschädigt von einem Einsatz zurück oder wird sie durch einen Angriff auf ihren Heimatplaneten beschädigt, so kann sie nicht eingesetzt oder aufgelöst werden, bis alle Schäden beseitigt sind.
Wird eine Sonde oder eine Gruppe von Sonden zu einem Einsatz geschickt, so wird eine temporäre Flotte gebildet. Diese wird bei ihrer Rückkehr sofort bzw. nach Reparatur aller eventuellen Schäden wieder aufgelöst.